В Son Goku Vs Naruto ще трябва да участвате в битките между синия отбор и червения отбор. След като сте избрали страната на конфронтацията, ще се озовете с вашия отбор в стартовата зона. Използвайки контролните клавиши, вие ще накарате вашия герой да се движи из местоположението. Веднага щом забележите врага, ще трябва да го хванете в обхвата и да отворите огън, за да убиете. Като стреляте точно ще унищожите опонентите си и за това ще ви бъдат дадени точки в играта Son Goku Vs Naruto.